ACMG：高通量測序有望作為二線篩查 輔助檢測代謝疾病

導讀:3月24-28日,，美國醫(yī)學遺傳學學會（ACMG）的臨床遺傳學年會于在美國鹽湖城舉行,。加州大學舊金山分校的Robert Nussbaum在會議上表示，高通量的外顯子組測序有望作為輔助的篩查檢測,，發(fā)現(xiàn)新生兒的代謝疾病,。

四家機構(gòu)最近發(fā)起了一項稱為“Newbie Seq（NB Seq）”的計劃,，致力于探索新生兒測序的方方面面。他們希望將序列數(shù)據(jù)與質(zhì)譜圖相結(jié)合,，以減少那些被誤認為是患有代謝疾病的健康新生兒數(shù)量,。

Nussbaum正在評估測序是否能作為手段，來增強代謝疾病的篩查,。他認為,，目前基于測序的檢測并不能滿足群體篩查項目的需求，找到在特定疾病上具有風險的個體,。在理想情況下,，篩查工具應當以低廉的價格提供高通量的結(jié)果，通過假陽性低的檢測篩查出盡可能多的高危個體,。

不過Nussbaum及其同事相信,，測序有望作為二線檢測，以便在篩查檢測結(jié)果返回給醫(yī)生之前減少假陽性的數(shù)量,。

一般來說,，先天性代謝異常的篩查是通過串聯(lián)質(zhì)譜的檢測來完成的。這種檢測關(guān)注與脂肪酸代謝疾病相關(guān)的十幾種氨基酸以及?；鈮A,。盡管質(zhì)譜篩查的方法已經(jīng)成熟，但假陽性仍然是個問題,，特別是對于NICU的新生兒,，他們因為出生體重不足或早產(chǎn)而表現(xiàn)出代謝失衡。

研究小組推斷,，加入相關(guān)基因的序列信息,，可能有助于增強NICU中新生兒的篩查特異性。Nussbaum指出,，除了有望降低最終報告給醫(yī)生的假陽性數(shù)量,，測序和質(zhì)譜分析可同時開展，而兩種類型的數(shù)據(jù)從理論上加入調(diào)整后的篩查算法,。

對于NBSeq項目,，研究人員計劃對1600個血斑樣本進行外顯子組測序，這些血斑來自于兒童,，但去除了識別信息,，包括質(zhì)譜篩查獲得了假陽性還是假陰性的結(jié)果。這項遺傳分析將集中在大約250個基因 – 其中44個在代謝疾病中發(fā)揮作用,，而數(shù)百個基因通過通路分析精確定位,。

盡管最初的變異分析是在不知道個體表型的情況下進行的，但研究小組計劃最終將基因分型數(shù)據(jù)與表型數(shù)據(jù)相關(guān)聯(lián)。

隨著測序有望作為二線篩查,，研究小組也希望能夠更清晰地了解那些參與代謝疾病的變異,。至于研究過程中鑒定出的致病變異是否要加入NCBI的ClinVar數(shù)據(jù)庫，目前還有待確定,，因為這需要加利福尼亞公共衛(wèi)生部門的許可,。

來源于：生物探索