Nature Genetics：全基因組測序的診斷價(jià)值
導(dǎo)讀：根據(jù)《Nature Genetics》上發(fā)表的一項(xiàng)新成果,，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項(xiàng)研究評(píng)估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素,。
根據(jù)《Nature Genetics》上發(fā)表的一項(xiàng)新成果,，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項(xiàng)研究評(píng)估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素,。
這個(gè)國際研究小組由英國的研究人員領(lǐng)導(dǎo),，對(duì)156個(gè)病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解釋,。通過基因組測序,，他們診斷出五分之一的病例，其中三分之一以上被認(rèn)為是孟德爾疾病,。
作者在文中寫道：“我們的結(jié)果證明了基因組測序在常規(guī)的臨床診斷中的價(jià)值,，但也突出了許多尚未解決的挑戰(zhàn)?！边@篇文章的通訊作者是牛津大學(xué)Wellcome Trust人類遺傳學(xué)中心的Gilean McVean,。
McVean及其同事考慮了156個(gè)個(gè)體或家庭，他們患有原因不明的孟德爾疾病或免疫疾病,。研究人員以平均32倍的覆蓋度對(duì)每個(gè)個(gè)體的基因組進(jìn)行測序,。對(duì)于88%以上的蛋白質(zhì)編碼序列，平均覆蓋深度至少為20倍,。
研究小組追蹤到33個(gè)病例中的致病變異,，剛好超過21%。孟德爾疾病的診斷率更高,。對(duì)于68個(gè)病例中的23個(gè),，他們發(fā)現(xiàn)了致病突變，診斷率接近34%,。此外,，對(duì)于14個(gè)家系中的8個(gè)，他們也能成功診斷,，比例達(dá)到57%,。
當(dāng)研究人員深入探討可能影響成功診斷的技術(shù)特征時(shí),，他們發(fā)現(xiàn),，基因組中不同區(qū)域的覆蓋度變化似乎并沒有明顯影響他們追蹤致病變異的能力。
另一方面,，研究小組又強(qiáng)調(diào)了在檢出和鑒定致病變異時(shí)分析方法的重要性,。例如，他們發(fā)現(xiàn),，采用兩階段的變異檢出過程,，即本地?cái)?shù)據(jù)庫過濾和多種算法注釋基因組相結(jié)合，能夠有效地鑒定變異,，實(shí)現(xiàn)更加準(zhǔn)確的診斷,。
盡管本研究中大部分的疾病元兇落在蛋白質(zhì)編碼區(qū)域，可通過外顯子組測序來拷問,，但研究人員指出,，完整的基因組序列有助于發(fā)現(xiàn)疾病的非編碼因素，并確定基因內(nèi)疾病相關(guān)異常的遺傳模式。
不過,，研究人員也提醒,，在診斷顯性遺傳的疾病，或其他家庭成員,、遺傳模式或臨床特征的信息不足時(shí),，全基因組測序可能太過復(fù)雜，或是不必要的時(shí)間浪費(fèi),。
“最終,，如果特定變異，或同一基因中的另一個(gè)變異,，在患有相同疾病的其他個(gè)體中鑒定出,，則全基因組測序?qū)⒛軌蚩煽康卦u(píng)估這個(gè)變異的診斷和預(yù)測價(jià)值，”McVean及其他作者談道,。
來源于：轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)網(wǎng)
